工程造價審計程序應分為事前審計、事中審計和事後審計。
　　1.事前審計
　　一般工程造價審計大多是對工程竣工決算的審計：根據施工方提供的施工圖紙和交工資料來審查工程造價的合理性。這樣就會造成一些失誤，例如大的建築工程是經過招標確定的，它的造價按圖紙造價是一次性包死的，在結算時隻是發生一些變更和簽證。此類工程在竣工決算審計時大多不會有什麽問題。可問題很容易出在投標報價上，一些建設單位與施工單位溝通後，建設單位做高標底故意提高造價，這樣投標方就可高價中標。而在審計時卻審查不出問題。例如某選礦工程其建設方做出標底480萬元，經審計後實際造價隻有380萬元。所以工程審計不能隻對決算審計，還應對大型招投標項目實施標底審計，即事前審計。
　　2.事中審計
　　工程項目在施工過程中也要進行審計監督，尤其是對隱蔽工程的監督。深入現場調查、取證、記錄，必要時進行拍照，跟蹤審計勘查，記錄要由甲、乙雙方和審計人員三方簽字認可。例如基礎工程，當地勘不詳時就會出現超挖和基礎加深情況，如果施工方和監理作弊簽證虛假加大工程量，在決算時不會發現，隻有親自到現場監督才能保證簽證量屬實。所以事中審計必不可少。
　　3.事後審計
　　竣工決算審計就是事後審計，事後審計也至關重要。
　　（1）對於有圖紙的工程項目，要仔細審查工程量的計算是否符合工程量計算規則，有否故意計算和合計錯誤以及筆誤等。同時還要審查工程項目是否按圖完成，有無取消部分後結算仍計價等。
　　（2）對於無圖紙的項目要深入現場，對照結算項目采用現場實測以確保造價的真實性。決算審計除了核定工程量外還應對定額套用及費用標準進行審計，避免高套定額和不合理取費現象。
　　4.材料價格審計
　　竣工決算中的材料及設備價格是直接影響建設項目審計質量的重要因素，審計時要特別注意對材料價格的審查。材料價格雖然是定額中規定的，但主要材料價格需按市場價格加以調整，即材料調差是工程的組成部分。施工單位往往是在材料使用上以次充好，而材料調差仍按質量好的材料價格調整。審計時可采取以下幾種方法：一是建立建築安裝工程材料價格調查信息網絡，定期調查。二是審查施工企業材料成本賬。三是調查了解建築市場材料價格情況。四是直接到供應廠（商）考察認證。隻有在做好上述調查核實的基礎上，才能確定最終決算價格。